کمیسیون مستقل حقوق بشر می‌گوید، یافته‌های آنان نشان می‌دهد که انتخابات ریاست جمهوری با مشکلات چون حضور کمرنگ افراد دارای معلولیت، رای دهندگان به ویژه زنان، رویدادهای امنیتی، تأخیر در آغاز رأی‌دهی، نبود کارمندان کمیسیون در زمان تعیین‌شده و مشکلات تکنیکی همراه بوده است.
کمیسیون مستقل حقوق بشر گفته است که یافته‌های این نهاد نشان می‌دهد مشکلات در بخش‌های مختلف روند رأی‌دهی وجود داشته است.
این کمیسیون افزوده است، یکی از معضل‌های جدی این انتخابات، تهدیدهای امنیتی بوده که ولایت‌های قندز، ننگرهار، بدخشان، فاریاب، بغلان، بامیان، کابل و قندهار شاهد انفجارها و رخدادهای امنیتی بوده است.
کمیسیون حقوق بشر خاطرنشان کرده که تلفات غرنظامیان شامل دو کودک در کنر، یک کشته و یک زخمی در پکتیکا و 10 کشته و زخمی در قندهار بوده که مجموع تلفات غیرنظامیان تاکنون به 14 تن رسیده است.
کمیسیون حقوق بشر خاطرنشان کرده است که همکاران این کمیسیون در ولایت فاریاب از خشونت میان تیم‌های انتخاباتی خبر داده که در نتیجه آن روند رأی‌دهی در لیسه پسرانه «تورپاختو» در محل رأدهی زنان (شهر میمنه) متوقف شده و دلیل خلق خشونت، تشویق زنان این محل رأی‌دهی به نفع تیمی خاص بوده است که مخالفت تیم دیگر را برانگیخته است.
این کمیسیون تاخیر در بازگشایی مراکز رأی‌دهی را از چالش دیگر این انتخابات خوانده و گفته است که علت تاخیر در این مراکز، حضور دیرهنگام کارمندان کمیسیون انتخابات بوده و کارمندان ای کمیسیون در ولایت‌های مختلف رأس ساعت 7 صبح در محلات رأی‌دهی حضور نداشته‌اند.
کمیسیون حقوق بشر یکی دیگر از مشکلات این انتخابات را خرابی دستگاه بایومتریک گفته که درست عیار نشده بوده است و نیز کارمندان کمیسیون با دستگاه بایومتریک آشنایی نداشته‌اند.
به گفته این کمیسیون، در برخی از ولایت‌ها مواد انتخاباتی دیر رسیده و نیز فهرست نام‌های شهروندان با فهرست رأی‌دهندگان، هم‌چنین با حافظه دستگاه بایومتریک در بسیاری ولایت‌ها مطابقت نداشته است.
در گزارش کمیسیون حقوق بشر همچنان آمده است که حضور شهروندان در مراکز رأی‌دهی کمرنگ بوده، حضور زنان در این روند ناچیز بوده و کمیسیون مستقل انتخابات برای افراد دارای معلولیت هیچ‌گونه سهولتی در نظر نگرفته بوده است.